明洪武十五年，西平侯沐英平定云南叛乱，而后沐英上书禀奏朱元璋，要求将士屯边云南，洪武皇帝朱元璋答应了沐英的奏折，之后沐英在云南戍边直到洪武二十五年，沐英在云南病逝。
洪武皇帝朱元璋追封沐英为黔宁王，而后沐英后世子孙世世代代戍边镇守云南，而吴三桂作为降清的明将汉人，希望得到的是皇帝的安抚。吴三桂希望自己可以像沐英一样，能够得到后世子孙永世为王，戍边云南这样的事情。
但是康熙皇帝却不答应。顺治十四年顺治皇帝驾崩，而此时的吴三桂早已经是镇守云南多年。恰逢大行皇帝驾崩镔天，吴三桂率军北上要祭奠顺治，昭圣太皇太后怕吴三桂会乘机叛乱。于是于诸王商议后，责令吴三桂在北京城外设棚拜祭即可，而不必与大军入城。
吴三桂北上之时，城外军马混乱百姓纷纷避走。“皇帝以此来撤藩，哀家自然是赞同皇帝的做法，但是三藩固然是顽疾，但是皇帝也是要有应对的措施才好啊。”昭圣太皇太后自然是知道皇帝肩负重担，但是这战乱一起就是硝烟弥漫，轻易不能下定决心的。
“孙儿闹翻老祖宗担忧了，朕自亲政以来以三藩，漕运和河务三件事为大事，夙兴夜寐而不敢忘怀。甚至以此来提醒朕自己，作为皇帝未完之事诸多。”康熙皇帝决定撤三藩，康熙七年，黄河泛滥淮扬发生水患，这开启了康熙皇帝治理河务之事。纳兰明珠作为弘文院大学士奉康熙皇帝圣命与工部尚书马尔塞一起调查淮扬水患一事。
马佳氏马尔塞与康熙皇帝的庶妃马佳氏系出同族，而又有不同的是，马佳氏这个庶妃与马尔塞不是族亲，马尔塞作为大学士三等公图海之孙，而马佳氏却是员外郎盖山之女。
不过康熙皇帝为了平衡前朝，会用后宫来做平衡物也不是没有道理的。而纳兰明珠更是仕途一帆风顺，从内务府郎中到内务府总管仅仅三年的时间，虽然是作为奴才的嫌疑洗脱不掉，但是八旗子弟本来就是爱新觉罗家的奴才。
康熙十二年十一月，平西王吴三桂诛杀云南巡抚朱国志。朱国志是汉军正黄旗人，顺治四年朱国志考取贡生被顺治皇帝授职固安知县，后胜任为大理寺卿。顺治十六年朱国志担任江苏巡抚，期间朱国志向顺治皇帝献策如何抵御郑成功的海军。
顺治皇帝二年，郑芝龙投降清朝，而郑成功却率领父亲郑芝龙的残余部队，继续在江南福建，浙江江苏一带继续与清兵斡旋。郑成功率领的郑家军，成为了南明后期抗击清朝的主要力量之一。郑成功一度的包围了江宁府但是因为军队悬殊太大，郑成功退败到了泉州的厦门和金门一带，继续积蓄力量与清朝抗衡。而在顺治十八年郑成功海军退守台湾，与荷兰在台湾的驻军决战最终郑成功收复台湾。
顺治十六年郑成功率领大军北伐，与南明部将张煌言的部队顺利的进入了长江大军一路上势如破竹，接连攻克了清朝所占领的镇江，瓜洲，取得了定海关战役和瓜洲战役以及镇江战役的胜利。而与郑成功兵分两路的张煌言的大军也接连的收服了，芜湖，沧州接连十余座县府，一时之间郑成功和张煌言的名声威震江南。
而朱国志的献计就是缓兵之计徐徐图之，果不然郑成功中计，而清军的援兵已到，这个时候郑成功就是想要收兵也是来不及了。郑成功大败，七位部将六位死于宁江府，之后郑成功采取建议，退守台湾以此来养精蓄锐，以求再次能够有他日可以东山再起，反清复明。
而正是因为朱国志的一个计策，使得清军能够反败为胜，因此顺治皇帝龙心大悦，朱国志在江苏的巡抚一职也是更加的稳固了。顺治十七年朱国志在江苏大肆收刮银钱，被当地的汉人称呼朱白地。顺治十八年，在江南的无锡和嘉定两县，清室为了打压江南的乡绅和土地主，为了抑制猖獗的卖官鬻爵，和官员收受贿赂一事，清朝政府以江南府抗粮为借口，制造了弥漫四府一县的奏销案。
而江苏巡抚朱国志的造册就是整个时间的导火索，朱国志以江南四府大小官员，乡绅世豪欠缺朝廷税粮为由，写奏折上报朝廷。而昭圣皇太后也议政大臣，以及内政大臣等商议之后，觉得江南一带的乡绅虽然是归顺清朝，但是仍旧是以明朝元老自居，于是不论是否是在职官员还是乡绅，也不论珂欠的粮款究竟是多少，但凡是江南籍贯，从秀才到进士但凡是有拖欠的人。
一律被革除功名而现任官员一律调任降职两级再用。此次一事使得江南大小官员一共一万三千余人被降职或者是查办。而更加是严重得事情是，江南籍贯的探花叶方霭因为一钱没有交还而也被罢官夺取功名，江南百姓得知后，纷纷戏言探花郎不值一钱。
除了奏销案之外，顺治十八年发生的哭庙案和通海案为当年的江南三大案。吴县书生为了声讨县令任伟初为人贪墨，在吴县横加暴敛还重用酷吏，经过文人的多次上访抗议无效后，从秀才到举人一行文人结伴到文庙孔孟等先圣之人的排位前痛诉任伟初的暴敛行为。
而不巧的是，吴县的苦诉正好与顺治皇帝大行驾崩相撞，任伟初多次的忍耐后，终于找到了机会可以乘此机会将一帮文人给收拾了。
于是任伟初给以金圣叹为首的十八名主要的秀才，金圣叹本来以为向巡抚朱国志禀明任伟初的暴行就可以，但是却没有想到朱国志早已经是跟任伟初沆瀣一气，于是朱国志上书昭圣皇太后，“金圣叹等人抗纳兵饷，命中击鼓，聚众倡乱惊扰大行皇帝的灵安。”
哭庙案最终以金圣叹等三人被斩首为结束。金圣叹的揭帖揭发了任伟初严刑逼供税赋，私自盗卖官粮中饱私囊，欺压农民一事。而通海案则是关于郑成功攻克江宁府一事，顺治十六年郑成功在六月八日由崇明到丹徒，短短五日便到了焦山最后直捣瓜洲，顺治皇帝接到战报后大怒，而金坛县令任体坤向顺治皇帝上奏称，金坛县县众要造反迎接郑家军。溧阳巡抚在接到奏折后大为震惊，不敢欺瞒上报朝廷。
直到郑家军败退台湾，清朝以通海罪论处，此事牵连广泛，江南官员以此来诬陷自己的政敌，蔡默于厚以及周生等儒生三十八人被网络各种罪名，而后江南的乡绅也受到牵连。
之后金坛县通海一案，屠杀满门者不少而迁徙流放者更是千人不止。江南三件答案名震清朝，一方面让忌惮和反清复明的人更加的坚定决心，而另外一方面也是极大的震慑了不少想要复明的人。因为最初的奏销案，朱国志立下大功康熙十年，康熙皇帝擢朱国志为云南巡抚接替吴三桂掌握云南诸事，同时康熙皇帝加派朱国志为太子太保。
在云南朱国志克扣吴三桂部下的军饷，招到了吴三桂的嫉恨，康熙十二年吴三桂反叛，朱国志誓死不降吴三桂因此被吴三桂杀害。朱国志一死，吴三桂彻底的反叛大清。
直到郑家军败退台湾，清朝以通海罪论处，此事牵连广泛，江南官员以此来诬陷自己的政敌，蔡默于厚以及周生等儒生三十八人被网络各种罪名，而后江南的乡绅也受到牵连。之后金坛县通海一案，屠杀满门者不少而迁徙流放者更是千人不止。江南三件答案名震清朝，一方面让忌惮和反清复明的人更加的坚定决心，而另外一方面也是极大的震慑了不少想要复明的人。
因为最初的奏销案，朱国志立下大功康熙十年，康熙皇帝擢朱国志为云南巡抚接替吴三桂掌握云南诸事，同时康熙皇帝加派朱国志为太子太保。之后在云南朱国志克扣吴三桂部下的军饷，招到了吴三桂的嫉恨，康熙十二年吴三桂反叛，朱国志誓死不降吴三桂因此被吴三桂杀害。
朱国志一死，吴三桂彻底的反叛大清。“陛下，吴三桂反了。”康熙皇帝以为的吴三桂是不太会选择兵行险招的，可是哪怕是当年将吴应熊和耿精忠的儿子都是留在北京城做人质，但是三个藩王终究还是有两个反叛。
明末清初的时候，应该是有四位藩王的，孔有德作为四大投降前清的明朝降将，若不是因为孔有德没有儿子，而仅有一个女儿孔四贞，那么孙延陵也是不必代表孔有德掌管广西驻守桂林了。
但是事情从来就没有如果，自从孔有德与李自成在桂林一战，孔有德战败后自杀，而孔有德的儿子，也被李自成杀了孔家后继无人。康熙四年孙延陵奉命开始镇守广西，而后以上柱国光禄大夫的身份，在广州做了一个无名有实权的藩王。孔四贞以和硕公主的身份，又是昭圣皇太后的养女，因此对于孙延陵在广西做的事情，康熙皇帝看在昭圣太皇太后的情面上。
倒也并没有真的要把孙延陵怎么样，水至清则无鱼，官场从来就是这样。礼部侍郎哲尔肯作为皇帝钦差特赴云南，户部尚书梁青标作为钦差特赴广东，而吏部侍郎陈一炳则是作为钦差赶赴福建。